Alukedimeerin artefakteja esiintyy tyypillisesti suurella kynnysjakson numerolla (yleensä > 35 jaksoa), joka on suurempi kuin halutun amplikonin kynnysjakson numero. Alukedimeerit lisääntyvät huomattavasti, kun heterologista genomista DNA:ta lisätään.
Missä näet alukedimeerit DNA-geelissä?
Ei-kvantitatiivisessa päätepiste-PCR:ssä alukkeen dimeeri näkyy enemmän tai vähemmän heikkona tahrana agaroosigeelissä kiinnostavan tuotealueen alapuolella.
Miten alukedimeerit muodostuvat?
Alukedimeerit muodostuvat kun kaksi aluketta sitoutuvat toisiinsa templaatti-DNA:n sijasta alukkeen komplementaarisuuden alueiden vuoksi.
Kuinka tunnistat alukkeen dimeerit?
Helppoin tapa tarkistaa aluke-dimeerit on vertaa reaktioitasi negatiiviseen kontrolliin (vesi DNA:n tai RNA:n sijaan). Alukedimeerit muodostuvat edelleen negatiiviseen kontrolliin. Jotkut alukesarjat muodostavat todennäköisemmin dimeerejä kuin toiset.
Miksi alukedimeerit ilmestyvät?
Enimmäkseen alukedimeerejä nähdään johtuen korkeasta alukkeen pitoisuudesta PCR-reaktioseoksessa. Tai jos PCR-monistusta ei ole ja näet alukkeen dimeerin agaroosigeelissä. Jos pystyt näkemään PCR-tuotteen, voit vähentää alukkeen pitoisuutta ja pitää muut olosuhteet samoina.