Molekyylibiologiassa STRING (Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins) on tunnettujen ja ennustettujen proteiini-proteiinivuorovaikutusten biologinen tietokanta ja verkkoresurssi. … Uusin versio 11b sisältää tietoa noin 24,5 miljoonasta proteiinista yli 5000 organismista.
Mikä on STRING-tietokannan tarkoitus?
STRING-tietokanta pyrkii keräämään ja integroimaan nämä tiedot yhdistämällä tunnettuja ja ennustettuja proteiinien – proteiinien assosiaatiotietoja useista organismeista.
Mikä on STRING-pisteet?
Kirjassa STRING jokainen proteiini-proteiini-vuorovaikutus on merkitty yhdellä tai useammalla "pisteellä". Tärkeää on, että nämä pisteet eivät osoita vuorovaikutuksen vahvuutta tai spesifisyyttä. Sen sijaan ne ovat luottamuksen osoittimia, eli kuinka todennäköisesti STRING arvioi vuorovaikutuksen todeksi käytettävissä olevien todisteiden perusteella.
Miksi proteiinit ovat vuorovaikutuksessa?
Proteiini-proteiini-vuorovaikutukset (PPI:t) ovat fyysisiä erittäin spesifisiä kontakteja, jotka on muodostettu kahden tai useamman proteiinimolekyylin välillä biokemiallisten tapahtumien seurauksena, joita ohjaavat vuorovaikutukset, joihin kuuluvat sähköstaattiset voimat, vety sidos ja hydrofobinen vaikutus.
Mikä on toiminnallinen yhdistys?
määritelmä. Binaarisuhde biologisten entiteettien välillä kun yksi niistä moduloi toista toisen toiminnan, ilmentymisen, hajoamisen tai stabiilisuuden ja suhteen suhteenkumppanien välillä ei voida todeta suorina, joten välivaiheet ovat implisiittisesti läsnä.
