Homologiamalleja voidaan käyttää myös tunnistaakseen hienovaraisia eroja toisiinsa liittyvien proteiinien välillä, joita kaikkia ei ole ratkaistu rakenteellisesti . Menetelmää käytettiin esimerkiksi kationien sitoutumiskohtien tunnistamiseen Na+/K+ ATPaasissa ja hypoteesien esittämiseen eri ATPaasien sitoutumisaffiniteetista..
Mihin homologiamalleja käytetään?
Homologiamallinnus on yksi laskennallisista rakenteen ennustusmenetelmistä, joita käytetään proteiinin 3D-rakenteen määrittämiseen sen aminohapposekvenssistä. Sitä pidetään tarkimpana laskennallisen rakenteen ennustusmenetelmistä. Se koostuu useista vaiheista, jotka ovat yksinkertaisia ja helppoja soveltaa.
Mitä homologiamallinnus on ja miksi sitä tarvitaan?
Homologiamallinnus saa kohdeproteiinin kolmiulotteisen rakenteen templaatti- ja kohdesekvenssien samank altaisuuden perusteella ja tämä tekniikka osoittautuu tehokkaaksi tutkittaessa kalvoproteiineja, jotka on vaikea kiteyttää kuten GPCR, koska se tarjoaa paremman ymmärryksen …
Kuinka teet homologiamallin?
homologiamallinnukseen sisältyy useita vaiheita
- mallin valinta käyttämällä kohdesekvenssiäsi. Tätä tarkoitusta varten voit tehdä BLASTp-haun kaikkia saatavilla olevia proteiinirakenteita (PDB) vastaan. …
- Mallin ja kohdesekvenssin kohdistaminen. …
- Mallesi laatu. …
- Täsmennysmallistasi vastaavasti.
Mikä tekee hyvän homologian mallinnuksen?
Jos määrittelemme "erittäin onnistuneen homologiamallin" sellaiseksi, jolla on <=2 Å rmsd empiirisesta rakenteesta, niin mallilla on oltava >=60 % sekvenssi-identtisyys kohteen kanssa, jotta se onnistuisi. korko >70%. Jopa korkeilla sekvenssi-identiteeteillä (60–95 %) jopa joka kymmenes homologiamalli on rmsd >5 Å vs.
