2024 Kirjoittaja: Elizabeth Oswald | [email protected]. Viimeksi muokattu: 2024-01-13 00:06
Kromosomien konformaation sieppaamiseen (3C) perustuvat menetelmät paljastavat kromosomiorganisaation ytimessä määrittämällä kromatiinia pitkin olevien pisteparien fyysisen läheisyyden. Ne säilyttävät kromatiinivuorovaikutuksia silloituksella, jota seuraa fragmentointi, ligaatio ja vuorovaikutteisten alueiden sekvensointi.
Miten kromosomien konformaation sieppaus toimii?
Kromosomikonformaation sieppaus sirulle (4C) kaappaa vuorovaikutuksia yhden lokuksen ja kaikkien muiden genomisten lokusten välillä. Se sisältää toisen ligaatiovaiheen, jossa luodaan itsestään kiertäviä DNA-fragmentteja, joita käytetään käänteisen PCR:n suorittamiseen. … Yhdellä mikrosirulla voidaan analysoida noin miljoona vuorovaikutusta.
Mikä on kromatiinin konformaation sieppaus?
Chromatin Conformation Capture (3C) on tärkeä tekniikka, jota käytetään kromatiinin rakenteen tutkimiseen, sekä useiden muiden johdannaistekniikoiden perusta. … Protokolla sisältää solujen silloittamisen formaldehydillä, mitä seuraa kromatiinieristys ja pilkkominen restriktioentsyymillä.
Kuinka Hi-C-sekvensointi toimii?
Hi-C-lähestymistapa laajentaa 3C-Seq:n kartoittamaan kromatiinikontaktit genomin laajuisesti, ja sitä on sovellettu myös in situ kromatiinivuorovaikutusten tutkimiseen. Tässä menetelmässä DNA-proteiinikompleksit silloitetaan formaldehydillä. Näyte fragmentoidaan ja DNA uutetaan, ligatoidaan ja digestoidaan restriktioentsyymeillä.
Mikä on Hi-C-tekniikka?
Klassiseen Hi-C-tekniikkaan kuuluu formaldehydillä ristisilloitetun genomin restriktiohajotus sekvenssispesifisillä restriktioentsyymeillä, minkä jälkeen pilkottujen päiden täyttö ja korjaus lisätään biotiiniin kytketyt nukleotidit. Korjatut päät sidotaan sitten uudelleen.
