Koska sonikointi voi mahdollisesti hajottaa proteiineja ja denaturoida proteiiniepitooppeja, arvioimme seuraavaksi sonikoinnin vaikutusta proteiinien eheyteen.
Voiko sonikointi vahingoittaa proteiineja?
Suosittuja vastauksia (1)
Standardi sonikaatioprotokolla ei voi pikemminkin aiheuttaa proteiinien pirstoutumista- energia on liian alhainen. Sen ei pitäisi edes aiheuttaa sen denaturoitumista. Se voi denaturoitua, kun sonikoitat sitä liian kauan ja ylikuumentat näytettä. Jos käytät nikkelikromatografiaa, muut juovat voivat olla yksinkertaisesti epäpuhtauksia.
Voiko sonication katkaista peptidisidoksia?
Sonication ei voi normaalisti hajottaa proteiinin primäärirakennetta, koska tämä rakenne (aminohapposekvenssi) koostuu kovalenttisista sidoksista, jotka ovat monta kertaa vahvempia kuin vetysidokset ja sonikaatio voivat antaa tarvittavan energian näiden siteiden katkaisemiseen.
Katkaiseeko ultraäänikäsittely ydinkalvon?
A lyhyt sonikointi alhaisella energialla voi häiritä plasmakalvoa rikkomatta liikaa mitokondrio- tai tumakalvoja, jolloin saadaan aikaan hienotunteisia mitokondrioita.
Onko ultraäänikäsittely tarpeen proteiinien uuttamiseksi?
Pesuaineliuottaminen (esim. SDS), jota tarvitaan kalvoproteiinien eristämiseen, johtaa liiman k altaiseen lysaattiin pääasiassa nukleiinihappojen vuoksi. Siksi sonikointi vaaditaan tällaisissa tapauksissa näiden nukleiinihappojen hajottamiseksi. Sonication tuottaa paljon lämpöä eikä ole hyvämonia proteiineja.
