Arabinoosi on viiden hiilen sokeri, jota esiintyy laaj alti luonnossa ja voi toimia ainoana hiilenlähteenä monissa bakteereissa. Kolmen geenin (araB, araA ja araD) proteiinituotteita tarvitaan arabinoosin hajoamiseen Enterobacteriaceae-perheen jäsenissä, kuten E. colissa ja S.
Mitä arabinoosi tekee bakteereille?
Jos arabinoosia on läsnä arabinoosioperonin käynnistämiseksi, GFP:tä tuotetaan ja bakteerit voivat fluoresoida. Ilman arabinoosia GFP-geeni ei ilmenty eikä fluoresenssia ole. Vaihtelemalla ravinnekoostumusta tutkija voi siis kontrolloida, milloin (ja tapahtuuko) kukintaa transformoituneissa bakteereissa.
Mikä on arabinoosin rooli bakteerien muuntamisessa?
Arabinoosi toimii AraC:n allosteerisena säätelijänä, muuttaen mihin DNA-kohtiin se sitoutuu ja miten se muodostaa dimeerin. Muista, että arabinoosi on sokeri, jonka AraBAD-operonin proteiinit hajottavat. Kun arabinoosia lisätään ympäristöön, jossa E. coli elää, se sitoutuu tiukasti AraC:hen.
Miksi arabinoosia käytetään?
Käyttö biologiassa
Synteettisessä biologiassa arabinoosia käytetään usein yksisuuntaisena tai palautuvana kytkimenä proteiinien ilmentymiseen Pbadpromoottori E. colissa. Tämä päällekytkentä voidaan mitätöidä glukoosin läsnäololla tai kääntää pois päältä lisäämällä glukoosia elatusaineeseen, mikä on eräänlainen kataboliitin repressio.
Mitenvaikuttaako arabinoosi geenien säätelyyn ja ilmentymiseen bakteereissa?
Kun arabinoosia on läsnä, araC rentouttaa DNA-konfiguraatiota niin, että transkriptio voi tapahtua, mutta kun tämä hiilihydraatti puuttuu, sama proteiini rajoittaa DNA:n sitoutumiskykyä. RNA-polymeraasin kanssa.
